Клімат на Паянху – субтрапічны, з вільготнымі сезоннымі вятрамі. Зімой і вясной пераважаюць частыя пахаладанні, выкліканыя цыклонамі з Сібіры. Сярэднегадавая тэмпература вады – 17° С. Зіма з-за перамяшчэння халодных і цёплых цыклонаў бывае вільготная і дажджлівая. Тэмпература вады вясной, летам і восенню прыкладна 13° – 30° С. Сярэднегадавыя ападкі – 1,000 мм. Аб прыродных і геаграфічных асаблівасцях возера мясцовыя жыхары гавораць так: «калі прыходзіць зіма, убачыш прылівы, а калі адступае вада, падобна, што тут рака». «У дні паводкі бачыш вакол толькі ваду, а ў дні мелкаводдзя – толькі адну тонкую вадзяную лінію».