У 1933 г, падчас японскага ўварвання ў Кітай, значная частка калекцыі музея была эвакуіравана на паўднёвы захад краіны (Сычуань і Гуйчжоу). Пасля перамогі над Японіяй і заканчэння грамадзянскай вайны большасць эвакуіраваных каштоўнасцяў вярнулася ў Забаронены горад. У той жа час многія супрацоўнікі музея заставаліся ў Пекіне ўсю вайну, і альбо з-за іх прысутнасці, або з-за павагі японскіх улад да былога гаспадара палаца (які стаў імператарам праяпонскай дзяржавы Маньчжоу-го), частка калекцыі, што засталася падчас вайны ў Пекіне, таксама ўцалела.